ความเป็นมาของตำบลนาเยีย นั้น มาจาก เมื่อประมาณ 200 ปี ที่ผ่านมา มียายชื่อ หอม เดินทางมาจากภาคเหนือ มาคลอดลูกอยู่ที่ริมชายหาด ริมโดม ตั้งชื่อลูกว่า หวด และได้ตั้งบ้านเรือนอยู่ที่บ้านนาเยียในปัจจุบัน สาเหตุที่ตั้งชื่อว่า "นาเยีย" เพราะเป็นแหล่งพืชพันธุ์ธัญญาหาร หรือที่เก็บข้าว, น้ำ, นาข้าวที่สมบูรณ์
เทศบาลตำบลนาจาน อำเภอนาเยีย จังหวัดอุบลราชธานี เดิมคือ "องค์การบริหารส่วนตำบลนาเยีย" ต่อมา ได้รับการยกฐานะเป็นเทศบาล และเปลี่ยนแปลงชื่อเป็น "เทศบาลตำบลนาจาน" ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยยกฐานะท้องถิ่นขึ้นเป็นเทศบาลตำบลตามพระราชบัญญัติเทศบาล พ.ศ. 2496 เมื่อวันที่ 6 กันยายน 2556
สำนักงานเทศบาลตำบลนาจาน ตั้งอยู่ที่ ถนนสายนาเยีย–นาจาน หมู่ที่ 12 บ้านโนนสมบูรณ์ ตำบลนาเยีย อำเภอนาเยีย จังหวัดอุบลราชธานี 34160 อยู่ห่างจากที่ว่าการอำเภอนาเยีย ประมาณ 5 กิโลเมตร และอยู่ห่างจากจังหวัดอุบลราชธานี ประมาณ 43 กิโลเมตร และเทศบาลตำบลนาจาน มีหมู่บ้าน จำนวน 13 หมู่บ้าน อยู่ในเขตการปกครอง